1300 hat in Obernzell schon die Pfarrkirche St. Margaretha bestanden, denn ein Grabstein in dieser Kirche trägt folgende Inschrift: "Anno Domini MCCC obiit Joannes Strobl, Civis in Cella". Dieser im Jahr 1300 verstorbene Obernzeller Bürger, Joannes Strobel, war Klosterrichter in Passau-Niederhaus und Richter der Gotteshäuserer im "Land der Abtei".
1367 lehnen sich die Passauer Bürger gegen ihren Bischof auf. Sie ziehen zu den beiden bischöflichen Märkten Griesbach und brandschatzen diese. Vermutlich sind auch die beiden Kirchen in Mitleidenschaft gezogen worden.
1400 wird neben der Pfarrkirche St. Margaretha eine kleine Kirche am Markt "Unserer lieben Frauen Kapelle" genannt.
1410 Eberhard von Wels ist Pfarrer in Obernzell. Er stiftet mit seinem Bruder Ruprecht eine Messe zur Kirche in Obernzell und Unterg~iesbach. Demnach bestanden in beiden Orten nach der Zerstörung durch die Passauer Bürger (1367) schon wieder Kirchen.
1419 Auf einem Grabstein in der Pfarrkirche St. Margaretha ist Pfarrer Johann Kunstmann als verstorben eingemeißelt.
1423 beginnt Bischof Georg von Hohenlohe den Bau der Pflegerburg in Obernzell. Bischof Leonhard von Layming vollendet diesen Bau im Jahr 1426. Neben dem Pfarrer von Obernzell regierte nun auch ein bischöflicher Pfleger in Obernzell, der in der Regel auch Mitglied des Domkapitels in Passau war.
1429 In der Konsistorialmatrikel (Handschrift 111) sind die drei Pfarreien Obernzell, Untergriesbach und Gottsdorf schon getrennt, aber mit einer gemeinsamen Kollationsgebühr aufgeführt.
1460 verkauft der ehem. Pfleger von Obernzell Thoman Sigenhaimer den Schmitzberg, der an des Pfarrers Weingarten gelegen ist. 1470 Die Pfarrkirche am Berg wird in gotischem Stil in Stein erbaut.
1472 Der Markt Obernzell wird von den böhmischen Hussiten abgebrannt, dabei gehen die Zehentstiftsurkunden der Liebfrauenbruderschaft verloren.
1490 Die Pfarreien IIzstadt, Obernzell, Untergriesbach, Gottsdorf, Straßkirchen, Perlesreut und Hohenau werden dem Stift St. Salvator in der IIzstadt inkorporiert. Sie waren bisher bischöflich, werden aber von nun an von St. Salvator mit Pfarrvikaren besetzt und müssen jährlich "pensiones" an das Stift zahlen. Die Baulasten für die Pfarrkirchen verbleiben bei der jeweiligen Pfarrgemeinde.
1494 Pfarrvikar Ulrich Dorfmayr bestätigt eine Jahrtagsstiftung des Pfarrers Mauersteiner von Kellberg für die Kapelle im Markt. 1514 Pfarrvikar Ulrich Dorfmayr wird begraben. Sein Grabmal ist in der Marktkirche aufbewahrt.
1592 wird das Marktkirchlein erneuert, nachdem beim Umbau des Schlosses in den Jahren 1581-83 die,dortige Schloßkapelle verkleinert worden ist.
1608 Die Liebfrauenbruderschaft stiftet Bänke und Fenster für die Marktkirche.
1646 Marktrichter Herrnpöckh schließt mit Pfarrvikar Jobst einen Vertrag wegen des Unterhalts für den Schulmeister, Organisten und Mesner.
1654 Gründung der Bruderschaft "Maria Schutz". 1681 Gründung der Bruderschaft "Mariae Trost". Die Bestätigung erfolgt 1689.
1698 wird der verfallene Pfarrhof neu gebaut, der 1709 im Innern fertiggestellt ist; 1724 erfolgt der Neubau von Stadel und Stallgebäuden. 1699 Bis zu diesem Jahr hatte die alte Pfarrkirche eine Holzdecke; da sie bereits verfault war, wird ein Gewölbe eingebaut.
1720 Die Planungen für den Bau einer neuen Marktkirche beginnen. Pfarrvikar Dr. Dischlinger erwirbt sich große Verdienste um diesen Neubau.
1721 Der Schuldienst wird mit dem Mesnerdienst vereinigt. 1729 bezieht der Lehrer die Mesnerwohnung bei der Marktkirche.
1740 Grundsteinlegung zu der neuen Marktkirche. Vom alten Kirchlein bleibt nur der Turm übrig, der in den Neubau miteinbezogen wird.
1743 Pfarrer Leopold Herrnböckh zu Kefermarkt stiftet 3.000 Gulden zum Hochaltar. Er entstammte einem Obernzeller Schiffmeistergeschlecht.
1746 Schiffmeister Lukas Kern aus Passau, ein gebürtiger Obernzeller, stiftet den Kreuzweg.
1747 Die Konsekration der neuen Marktkirche erfolgt am 14. August durch den Passauer Weihbisthof Johann Christoph Rudolf Ludwig Graf von Kienburg. Gleichzeitig wird der Friedhof benediziert.
1749 Leopold Pürcher und das Hafnerhandwerk stiften die Seitenaltäre.
1751 Die Marktkirche muß geschlossen werden. Die Außenmauern werden durch Schleudern gesichert. Auch später sind wegen festgestellter Schäden Schließungen und neue Bauarbeiten nötig, so 1799.
1805 Der Marktfriedhof wird aufgelassen.
1806 Zwei Glocken werden für die Marktkirche beschafft.
1809 Die Orgel aus St. Nikola in Passau wird für die Marktkirche gekauft.
1820 Für die Pfarrkirche wird eine Uhr gestiftet. 1837 In der Marktkirche wird das Gewölbe am Dachstuhl aufgehängt.
1844 Pfarrer Liebl klagt über Gottesdienststörung durch Schiffknechte.
1852 König Max 11. von Bayern besucht neben den Schmelztiegelfabriken in Obernzell auch die beiden Kirchen.
1870 Der Turm der Marktkirche erhält eine neue Spitze. Der Schmelztiegelfabrikant Franz Paul Kaufmann stiftet eine Turmuhr.
1888 Die Pfarrkirche am Berg wird renoviert und mit neugotischen Altären versehen.
1889 bis 1896 wird die Marktkirche vollständig saniert. Sie erhält einen neuen Dachstuhl und ein Rabitzgewölbe. Mit dem zweiten Turm erhält sie das heutige Aussehen.
1900 Der Schul- und Mesnerdienst werden getrennt.
1907 werden die Gläubigen in Eckersäge und Eckerstampf aus der Pfarrei Untergriesbach in die Pfarrei Obernzell umgepfarrt.
1917 Als Kriegsbeitrag müssen drei Glocken und mehrere Orgelpfeifen abgegeben werden. 1922 Als Ersatz für die im Krieg abgegebenen Glokken wird vom Glockengießer Anton Gugg in Passau eine Glocke mit 420 kg geliefert.
1929 Der alte Pfarrhof am Berg wird an die "Schwestern zum Allerheiligsten Heiland" verkauft. Als neues Pfarrhaus wird das Haus Marktplatz 46 (heute Raiffeisenbank) erworben.
1931 Für die Pfarrpfründe werden 2 Tgw. Jungwald gekauft, sodaß die Pfründe insgesamt 48 Tgw. Wald besitzt.
1939 Die Marktkirche erhält zwei neue Glocken zu 19 und 5,5 Zentnern.
1945 In den letzten Kriegstagen wird die Eisenbahnbrücke im Bach gesprengt. Die beiden Kirchen erleiden schwere Dach- und Fensterschäden.
1947 Anläßlich der zweihundertsten Wiederkehr des Einweihungstages wird am 19. Oktober die Marktkirche zur Würde einer Pfarrkirche erhoben. H. H. Domprobst Dr. Riemer hält das feierliche Pontifikalamt und die Predigt. Die altehrwürdige Pfarrkirche am Berg wird zur Friedhofskirche.
1953 Die Pfarrpfründestiftung erwirbt für den Neubau eines Pfarrhauses den Platz hinter der Marktkirche vom ehem. Gasthof zum Goldenen Schiff.
1954 Die neue Pfarrei Schaibing wird gebildet. Alle Gläubigen der Pfarrei Obernzell in den Ortschaften Rackling, Grub, Öd, Breitwies und Figermühle werden dieser neuen Pfarrei eingegliedert.
1955 Das alte Pfarrhaus am Marktplatz wird nebst dem Garten an die Raiffeisenbank verkauft. 1956 Der Bau des neuen Pfarrhauses beginnt. Es wird im August 1957 bezogen.
1956 Ankauf eines neuen Geläutes für die Marktkirche bei der Firma Perner in Passau, zu dessen Finanzierung der damalige Kooperator Franz Kellermann eine Spendenaktion organisiert hat.
1957 erfolgt der Neubau einer Filialkirche in Erlau, bei dem sich wiederum Kooperator Keilermann große Verdienste erwirbt. Die Altarweihe erfolgt am 1. Mai 1958 durch S. Excellenz Bischof Simon Konrad.
1959 Festliche Weihe von drei Glocken für die Kirche in Erlau durch H. H. Prälat Abt Benno Stumpf von Engelszell.
1977 Übernahme des durch die Marktgemeinde neu errichteten Kindergartens durch die pfarrki rchenstiftu ng. 1977 Grundlegende Renovierungen der Friedhofskirche und der Pfarrkirche im Markt; die Arbeiten dauern mehrere Jahre.
1980 Übergabe der Friedhofsverwaltung von der Pfarrei an die Marktgemeinde.
1982 Ankauf einer neuen Orgel für die Pfarrkirche.